In der Wachau brüten nach jetzigem Stand 112 Vogelarten. Das sind über 50% der in Niederösterreich vorkommenden Brutvögel. 30 Vogelarten, der aufgenommen Brutvögel, befinden sich auf der Roten Liste und zählen somit zu gefährdeten bzw. stark gefährdeten Vogelarten. Diese große Anzahl weist auf die hohe Biodiversität und eine intakte Landschaft in der Wachau hin.

Dennoch macht das generelle Artensterben auch in der Wachau nicht halt. Einige Arten, besonders Wiesenvögel wie Braunkehlchen, Grauammer und Wiesenpieper oder Rauhfußhühner wie das Birkhuhn, sind in der Wachau ausgestorben. Wachtelkönig und Rebhuhn sind in der Region vom Aussterben bedroht.
Frisch eingewandert sind Arten wie zum Beispiel Bienenfresser oder Zaunammer. Dies könnte eine Folge der Klimaerwärmung sein.